aide mémoire pbs : soumission à une file d'attente

Les clusters de calculs ont ceci d'agréables qu'ils permettent la mise en place de files d'attentes, ce qui permet, au final, de très bien gérer ses calculs et d'optimiser les licences utilisées et le temps total.

 

Chaque calcul se soumet via une file d'attente, en utilisant

qsub monScript.job

 

Dans le fichier monScript.job se trouvent les commandes d’exécution. Pour spécifier le nom du nœud, il faut rajouter l'option -l:

qsub -l nodes=nomNoeud monScript.job

 

Par exemple, dans le cas d'un calcul Abaqus -version 6.11-, le fichier monScript.job a la contenance suivante


#!/bin/bash
#PBS -N res-monScript
#PBS -o res-monScript 
#PBS -e res-monScript
#PBS -l walltime=50:50:00
#PBS -V
#PBS -l nodes=1:ppn=3
# ----------------------------------------------------------------------
#

module load abaqus/6-11
#
cd  "$HOME/monRep/"
input=monFichierInput

# -- start abaqus
abaqus input=$input.inp job=$input analysis interactive cpus=3

 

Les premières lignes

#PBS -o

et

#PBS -e 

définissent  les noms des fichiers de sortie du calcul soumis en liste d'attente.

 

#PBS -l nodes=1:ppn=3

renvois à la réservation des ressources, soit ici, 1 nœud et 3 cpus pour ce calcul.

 

#PBS -l walltime=50:50:00

permet de réserver 50h de calcul (au delà, le calcul est arrêté par la fie d'attente.

 

module load abaqus/6-11 

permet au nœud sur lequel le calcul sera lancer de charger les différentes variables d'environnement (librairies, exécutable....); ces modules doivent être définies quelque part dans le système.

 

cd  "$HOME/monRep/"

permet de se placer dans le répertoire de travail, où le fichier input du calcul abaqus monFichierInput.inp se trouve.

 

Enfin, on lance le calcul, 'abaqus' étant un alias définit dans le module abaqus/6-11. On notera ici que le calcul est en parallèle, avec 3 cpus.

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